Integrated Genome Browser
| Versión |
9 |
| Plataformas | |
| Licencia | Open Source |
| Categoría | Scientific |
| Más información
(visite el sitio web del editor)
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Revisión de Software
Funciones principales
- Admite varios formatos de genoma, como GenBank y FASTA
- Interactúa con los datos con las animaciones de zoom y panorámica
- Acceda y cargue genomas desde sitios de carga rápida
- Transformar datos en varias formas gráficas
- Comparte datos con colaboradores a través de Dropbox
- Instalar complementos para funcionalidad adicional
Integrated Genome Browser (IGB) es un programa de código abierto utilizado para ver y explorar grandes conjuntos de datos genómicos. Puede ver varios formatos de datos, interactuar con sus datos, crear gráficos, guardar su información como imágenes y compartir sus datos con colaboradores.
IGB le permite ver datos de anotaciones y secuencias alineadas. El programa soporta una variedad de formatos como FASTA, BAM, BEDGRAPH, BigWIG, Cytoband y GenBank. Puede tomar los datos y transformarlos en una variedad de formas de gráficos, incluyendo gráficos de desajuste para resaltar las diferencias de datos y gráficos de profundidad para mostrar la cobertura. También puede interactuar con sus datos a través de las animaciones de zoom y desplazamiento de IGB.
IGB le permite acceder y cargar genomas desde sitios QuickLoad, que son sistemas simples de directorios, secuencias y otros archivos de datos para su visualización. IGB proporciona una funcionalidad avanzada con soporte de plugins para añadir funcionalidad y automatización del flujo de trabajo mediante el uso de scripts. IGB también le ofrece funciones avanzadas para compartir sus datos, ya sea publicándolos como una imagen JPEG, PNG o SVG de alta calidad o almacenando los datos en Dropbox para dar a sus colaboradores acceso a su proyecto.
IGB es utilizado principalmente por investigadores universitarios, biólogos y bioinformáticos. Proporciona herramientas avanzadas para abrir una variedad de formatos de datos del genoma, visualizar los datos como diferentes gráficos y compartir los datos con los colaboradores. Lamentablemente, el programa depende de subvenciones para su desarrollo continuo, lo que significa que el apoyo a la aplicación podría cesar en cualquier momento. Sin embargo, Integrated Genome Browser sigue siendo un programa capaz y personalizable para los usuarios que buscan explorar y analizar sus datos genómicos.
▶ Extensión de archivo principal
▶ Otras extensiones de archivo utilizadas Integrated Genome Browser 9
| Tipos de archivos soportados | |
|---|---|
| .BED | UCSC BED Annotation Track File |
| .GB | GenBank Data File |
| .FASTA | FASTA Sequence File |
| .DAS | DeltaMaster Analysis Session |
| .SGR | SGR Genome Data File |
| .FA | FASTA Formatted Sequence File |
| .USEQ | USeq Genome Data File |
| .FAS | FASTA Sequence File |
| Formatos de archivo relacionados adicionales |
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