Prism le da la opción de guardar su proyecto en los formatos PZF, .PZFX y Compact PZF. El archivo PZF se guarda en formato binario y fue el formato principal hasta la versión 5 de Prism, cuando fue reemplazado por el formato PZFX. Guardar en el formato PZFX tiene varias ventajas, sin embargo, ha habido informes de problemas para abrir archivos PZFX enviados por correo electrónico que se han resuelto guardando los datos de Prism en el formato PZF más antiguo. Además, las versiones actuales de Prism siguen siendo compatibles con el formato PZF. El formato PZF compacto es otra alternativa, ya que permite guardar el proyecto de Prism en el formato PZF pero sin los resultados de los análisis (para ahorrar espacio), que deberán volver a calcularse al abrir el archivo.
GraphPad Prism es utilizado principalmente por biólogos, estudiantes y científicos físicos y sociales de universidades, centros médicos y empresas farmacéuticas de todo el mundo. La aplicación cuenta con herramientas de gráficos científicos, ajuste de curvas de regresión no lineal y bioestadística para el análisis de datos y la generación de gráficos que se pueden publicar en sitios web, .DOCX y .PPTX.